Биография Шуфутинского личная жизнь интересна. Он родился в 1905 году, сын отца-еврея и матери-русской (дочери аристократической семьи). Его родители были из разных религиозных слоев: его отец был православным, в то время как его мать была воспитана как христианка по материнской линии. Как таковая, она мало знала об иудаизме; действительно, он сам ничему не научился до тех пор, пока в 17 лет не ушел из дома, чтобы поступить в университет.
В 1923 году Шуфутинский вступил в Коммунистическую партию России. Позже в том же году он переехал со своей женой Натальей и их тремя детьми – двумя дочерьми и одним сыном – из Москвы в Петроград, где они прожили несколько лет, прежде чем вернуться в Москву в 1925 году, когда умер Владимир Ленин. В 1931 году семья снова вернулась в Петроград, но на этот раз для того, чтобы жить там постоянно.
В конце 1934 года Шуфутинский стал главным редактором газеты "Известия". Во время Второй мировой войны он возглавлял советский информационный отдел, который включал радиопередачи на Германию от имени СССР. Однако после войны он перешел на другую сторону и работал против сталинизма. Это привело его в изгнание и, в конечном счете, в тюрьму. Он провел пять лет в Ленинградской тюрьме, а затем еще шесть лет в трудовых лагерях ГУЛАГа. Выйдя на свободу в 1953 году, он вернулся к работе в "Известиях", но уволился в 1960 году из-за разногласий по поводу редакционной политики.
Покинув свой пост, Шуфутинский основал журнал New Times и принимал участие в различных других проектах, включая исполнение обязанностей генерального директора Национального комитета по развитию культуры в 1957-1962 годах.
Он женился на Наталье Ивановне Красулиной в 1929 году, познакомившись с ней через друзей, которые оба принадлежали к одной политической партии. Они развелись в 1950 году, хотя оставались близкими друзьями на протяжении всей его дальнейшей жизни. У пары не было общих детей, но они усыновили трех мальчиков и четырех девочек от предыдущих отношений. Их сыновей зовут Михаил, Виктор и Олег. Одна из их дочерей, Елена, также призналась в гомосексуализме в 2005 году, хотя с тех пор она помирилась со своими родителями.
После его смерти в 2004 году его тело до 2007 года оставалось неоткрытым подо льдом в Ладожском озере близ Екатеринослава. 2 декабря 2008 года группа ученых обнаружила его останки под метровым слоем снега. Заупокойная служба состоялась 3 января 2009 года.